Przebieg kliniczny boreliozy można podzielić na okres wczesny i późny. Nieleczona infekcja może być obecna w organiźmie przez wiele miesięcy lub nawet lat nie dając żadnych większych symptomów. Wspomniany wcześniej podział przebiegu klinicznego na okres wczesny i późny można dodatkowo wyodrębnić podział na : postać wczesna zlokalizowana . Najbardziej charakterystycznym wczesnym objawem choroby jest rumień wędrujący(jako odpowiedź zapalna dobrze pracującego systemu odpornościowego), który pojawia sie na skórze w miejscu ukąszenia przez kleszcza. (rumień przewlekły wędrujący, chłoniak limfocytarny skóry) i postać wczesna rozsiana (zmiany m.in. w układzie nerwowym, kostno-stawowym, sercu i oku), postać późna boreliozy (przewlekłe zanikowe zapalenie skóry, przewlekłe zapalenie stawów, przewlekłe zespoły neurologiczne i psychiatryczne). Borelia żyje wewnątrzkomórkowo oraz za pośrednictwem krwi przekracza barierę krew-mózg wędrując do najsłabszych miejsc w organiźmie między innymi do systemu nerwowego co stwarza duże problemy w diagnozowaniu a także leczeniu tego schorzenia (niewiele jest antybiotyków, które są w stanie pokonać tę barierę i tylko niektóre antybiotyki działają wewnątrzkomórkowo). Zakażenie może wywoływać ponadto rozsiane zmiany skórne, stawowe, w układzie nerwowym lub wielonarządowe. Zastosowanie właściwej antybiotykoterapii nie do końca zapewnia pomyślność leczenia. Formy przetrwalnikowe (cysty, sferoplasty i blebs) są okrągłe, nieruchliwe i pozbawione ściany komórkowej, a zatem niewrażliwe na działanie antybiotyków. Jeśli infekcja nie jest leczona bądź gdy leczy się ją niewłaściwie, może spowodować silny wędrujący ból i obrzęki stawów – najczęściej kolan – wiele miesięcy później. W dodatku po kilku tygodniach, miesiącach czy nawet latach od nieleczonej infekcji bakteria może spowodować zapalenie opon mózgowych, przejściowe porażenie mięśni twarzy, drętwienie lub osłabienie kończyn, zaburzenia pamięci i koncentracji, zmiany nastroju, osobowości i snu. U niektórych nieleczonych pacjentów pojawiają się przemijające zaburzenia rytmu serca, zapalenie oczu czy wątroby. Bardzo często objawy te diagnozowane są przez medycynę akademicką jako nerwice, depresje, stwardnienia rozsiane, polineuropatie ,reumatoidalne zapalenie stawów i inne. Lista jest dość długa i zainteresowanym znana doskonale.